甲醇作为燃料使用只是比原来应用于化工、医药等行业扩大了应用面和与人的接触面，对社会环境的影响仅增加了分配环节和燃烧后污染物的排放，而尾气中的有害物质如甲醛等可通过治理达到排放要求，同时收购废甲醇，收购废乙醇，销售甲醇，工业酒精，灶芯等化工用品也成了一项重要的工作。
目前，机动车排气污染已经成为我国大中城市的主要大气污染源，治理机动车排放污染任务非常紧迫。国家环保总局会同有关部门正在制定新的污染物排放控制指标，预计年内颁布实施。有关部门也将醇燃料行业标准的编制列入规划。甲醇可部分或全部代替汽油和柴油在汽车发动机上直接应用，也可采用间接的方法在汽车上使用，即将甲醇经催化分解转化为氢气和一氧化碳与汽油掺烧，或作为燃料电池的氢源使用。但无论采用哪种方法，它对生态环境和人体健康的影响都是人们关注的问题之一。
甲醇作为燃料时对生态环境的主要影响是会降低空气和水的质量，同时会影响陆栖和水栖生物。但是，无论海洋还是陆地均具有多种需氧生物，它们能很容易分解甲醇，因此甲醇在环境中的滞留时间不长，比相同水平的汽油对生态的影响要小。长期低水平接触甲醇的危害程度属中等，甲醇引起的肌体反应、栖居地破坏以及生物种群的变化，通常是可逆的，不足以导致死亡或永久性伤害。